Systematische Abteilung
In der Systematischen Abteilung – kurz: System – ist der informative Lehraspekt wieder stark ausgeprägt: Pflanzenarten sind hier zu Pflanzenfamilien zusammengefasst. Hier stehen etwa 1.600 im Freien kultivierbare Pflanzenarten nach ihrer Verwandtschaft in eine konzentrische Anlage nach Familien und größeren Einheiten geordnet. Im Zentrum befinden sich die ursprünglichsten Blütenpflanzenfamilien, in den peripheren Bereichen die Gruppen, die am stärksten weiterentwickelt und spezialisiert sind. Die regelmäßige Anordnung in geometrischen Beeten sorgt für eine gute Übersicht.
Auch hier findet man konzentrische Kreise und radiale Wege, die sich im Zentrum in einem kleinen Pavillon treffen, der mit Jugendstilelementen geschmückt ist. 2007 wurde dieser restauriert. Um diesen Pavillon standen ursprünglich mächtige Ulmen, die dem Ulmensterben zum Opfer gefallen sind. Vier kräftige Tulpenbäume – aus der Familie der Magnoliengewächse (Magnoliaceae) – ersetzen die Ulmen und bieten in der Blütezeit von Mai bis Juni ein prächtiges Bild.
Neue Erkenntnisse
Das System ist so angelegt, dass die entwicklungsgeschichtlich urtümlicheren Familien in der Mitte rund um den Pavillion, die moderneren in der Peripherie der quadratischen Anlage zu finden sind. In jüngerer Zeit haben molekulare Untersuchungen des pflanzlichen Erbguts viele neue Erkenntnisse geliefert. Insbesondere der verwandtschaftliche Zusammenhang ganzer Pflanzenfamilien konnte dadurch geklärt werden. In der momentanen Anordnung im System des Botanischen Gartens München-Nymphenburg ist die Sichtweise aus den 1980er Jahren (gemäß Armen Takhtajan) mit neueren Erkenntnissen vereint.